Mushroomhead образовались в пятиэтажном здании на пересечении улицы West 92 и Detroit avenue в городе Кливленд, штат Огайо. Группа поначалу не имела названия. Просто по вечерам собирались музыканты разных групп, которые репетировали в этом здании и джемили. Основатели группы — Jeffrey Hatrix, Steve Felton и Tom Schmitz. Последние двое были давними друзьями ещё со школы. Название группы придумал, как ни странно, Dave «Gravy» Felton, который не был тогда в группе (он присоединился к ним только спустя 7 лет). Так как Dave был родным братом Steve «Skinny» Felton, то он часто заглядывал к ним в репетиционную, посидеть-поболтать. Dave тогда был гитаристом в группе S.O.S. и как-то раз он пожаловался, что в его группу взяли какого-то слишком наглого второго гитариста, с ужасной прической. Dave придумал ему обидную кличку «Mushroomhead». Steve услышав это слово, рассмеялся, а потом решил, что так нужно назвать группу, потому что Mushroomhead ассоциируется со множеством понятий. Во-первых, mushroomhead можно понимать как «дурак», во-вторых, mushroomhead — головка полового члена, и наконец в-третьих, грибы всегда ассоциируются с наркотиками.
К 1993 году сформировался постоянный состав — Jeffrey «J Nothing» Hatrix — вокал, Steve «Skinny» Felton (первые годы он именовал себя «Skinner») — ударные, Tom «Shmotz» Schmitz — клавишные, Richie «Dinner» Moore — ритм-гитара, John «J.J. Righteous» Sekula — гитара, Joe «Mr. Murdernickel» Kilcoyne — бас-гитара. Именно в таком составе музыканты приступили к написанию песен. Первой из них стала песня «43». Ради эксперимента для её записи решили пригласить второго вокалиста. Steve Felton привёл своего приятеля Jason «J Mann» Popson, который и остался в группе как второй вокалист.
К 1993 году накопилось достаточное количество песен и парни решили организовать шоу. Однако у них появилась проблема — все музыканты уже были достаточно известными, причем все играли в группах с разными жанрами. Jeffrey Hatrix и Steve Felton играли техничный трэш-метал в группе Hatrix, Joe Kilcoyne был басистом в пауэр-трэш метал группе Mystik, John Sekula был гитаристом в трэш-метал группе Terror, а Jason Popson был вокалистом в фанк-метал группе Unified Culture. А музыка Mushroomhead была слишком необычной, экспериментальной и парни опасались, что фанаты их прежних групп просто их не поймут. Поэтому они решили спрятаться за масками. Jeffrey «J Nothing» Hatrix надел маску дьявола, с подвенечным платьем и футбольными плечами-накладками, Steve «Skinny» Felton надел противогаз, John «J.J. Righteous» Sekula нарядился в бородатого деда (при том, что Джон самый полный в группе), Tom Schmitz «Shmotz» нарядился клоуном, надев разноцветный полосатый колпак, как у Буратино (иногда он менял его на огромную шляпу), Joe «Mr. Murdernickel» Kilcoyne надел маску Носферату, Richie «Dinner» Moore — маску насекомого, Joe «DJ Virus» Lenkey — маску шута, а Jason «J Mann» Popson — полумаску с уродливым носом. А чтобы шоу было ещё интереснее, Jeff и Steve позвали в группу в качестве танцора своего бывшего одноклассника Marko Vukcevich, который тогда жил в г. Питсбург. Marko согласился и взял себе в партнерши свою подружку Jessica Haney (тоже из Питсбурга), которая стала стриптизёршей. Эти двое практически никак не наряжались — они бегали и кувыркались по сцене в одних трусах, (Jessica была без лифчика и наклеивала на соски черную клейкую ленту) У Marko «Bronson» была маска мазохистов из секс-шопа, а у Jessica «Roxy» — маскарадная маска, украшенная перьями и обязательный парик, обычно розового цвета. И для завершения на сцене был ещё жонглёр и клоун по кличке Chamberlain (о его личности практически ничего не известно).
Mushroomhead отыграли своё первое шоу 23 октября 1993 года в клубе Flash’s в г. Лорейн. Они выступали самыми последними и шоу полностью провалилось. Группу попросту освистали и выгнали со сцены. Металисты не поняли задумки и не захотели вникать в музыку. Но наши герои не стали отчаиваться, и уже через 2 дня они были на разогреве самих GWAR — легенды костюмированного метала из Виргинии. Это шоу принесло группе больший успех и первый серьёзный материальный доход. На Mushroomhead обратили внимание устроители концертов, и последовали предложения выступить в том или ином клубе. Так и начался путь Mushroomhead к славе. Однако учитывая то, что Mushroomhead был задуман как сайд-проект, то они часто разогревали группы Unified Culture, Hatrix, (216), поэтому некоторые из музыкантов выходили на сцену по нескольку раз за вечер, сначала в масках, а потом уже как участники вышеперечисленных групп. В конце концов, увидев, что у Mushroomhead успех даже больше, чем у их более серьёзных групп, они решили заняться раскруткой именно Mushroomhead. Отчасти, решение вплотную заняться Mushroomhead было продиктовано желанием заниматься свободным творчеством, не ограниченным какими-то рамками. Джефф Хэтрикс так сказал об этом:
Когда мы были в своих прежних группах, мы делали всё, что нам говорили. Но с Mushroomhead мы не имеем никаких границ. Мы решили просто хорошо проводить время и делать то, что запомнится остальным. Нет здесь формулы успеха. Что касается жанра, то у всех нас разные представления. Но это работает даже лучше, чем мы могли ожидать.
В 1994 году была издана песня «43» на компиляции «Dark Empire Strikes Back» на лейбле Dark Empire принадлежавшем Двиду (Dwid) из культовой группы Integrity. Затем, в 1995 году, последовал релиз дебютного демо группы, включавшем 6 песен на аудиокассете. А уже в июне того же года вышел полноценный одноимённый альбом. Его группа издала на свои деньги тиражом в 1000 экземпляров, а оформил диск гитарист Richie Moore «Dinner», который владел дизайн-студей RMG Graphic. Сейчас этот диск известен как «чёрный» — у него нет буклета как такового, а диск чёрного цвета. Вскоре, в начале 1996 года, альбом был переиздан, в нём уже был буклет с фотографией группы Mushroomhead, причем на ней, вместо Joe «Mr. Murdernickel» Kilcoyne, который успел покинуть группу (Joe попросту не верил в будущее Mushroomhead), был его родной брат Jack «Pig Benis» в маске свиньи. Хотя Jack «Pig Benis» не участвовал в записи этого альбома и написании песен.
13 сентября 1996 последовал новый релиз — альбом «Superbuick». День был выбран не случайно — это была пятница 13-е. Но такая дата никак не повлияла на успех альбома — он разошелся очень хорошо и Mushroomhead только укрепили свои позиции на Кливлендской сцене.
Шоу группы стали более шокирующими. Стриптизёры Marko «Bronson» и Jessica «Roxy» частенько входили в такой раж, что уже не просто имитировали на сцене секс, а занимались им по-настоящему. Это стоило группе нескольких шоу — организаторы, увидев настоящий секс на сцене своего клуба попросту приостанавливали концерт и выгоняли стриптизёров из клуба. Skinny так прокомментировал ажиотаж вокруг шоу Mushroomhead:
Наши шоу не такие уж дикие и зловещие, как пытается показать пресса. Да, они хаотичны, определённо отличаются от нормы. Но я бы не стал сравнивать нас с Мэрилином Мэнсоном. Лично я не соотношу нас с ним, потому что я его не слушаю.
Кроме того, власти Кливленда несколько раз пытались запретить Mushroomhead за аморальное поведение на сцене, а футболки группы были реально запрещены во многих школах города. Школьников, которые приходили на занятия в футболках Mushroomhead, возвращали домой переодеваться.
Тем не менее, успех Mushroomhead был невиданным. К 1996 году каждое шоу группы окупалось на 100 % даже при том, что цена на билеты никогда не занижалась. Более того, в последующие годы даже такие крупные выступления как традиционные Halloween и Thanksgiving, проводившиеся в Agora Theater с количеством сидячих мест 1800, полностью распродавались
29 декабря 1996 года, на пике популярности группы, вышел новый релиз — «Remix» на 12-дюймовой виниловой пластинке, включавший ремиксы на 6 песен. А в сентябре следующего 1997 года «Remix» вышел на CD, и включал уже 8 трэков плюс 3 видео, которые можно было посмотреть на компьютере. Также произошли изменения в составе — ушли DJ Virus и Chamberlain, которые вместе со стриптизёрами развлекали толпу, прыгая по сцене и дурачась. Теперь этим стали заниматься только Марко и Джессика. В тот же год у Mushroomhead началась эра камуфляжа, которая длилась много лет с небольшими перерывами.
1998 год выдался для группы тяжёлым. Во многом из-за упущенного контракта с Roadrunner rec. Следующий альбом вышел только лишь 28 октября 1999 года — это был «M3». Джефри в тот год сорвал голос и не мог записать оставшиеся 2 песни — «Final Act» и «The New Cult King», поэтому Mushroomhead пригласили для записи певца из группы Dofka по имени Скот Эдгелл, голос которого был немного похож на J Nothing. А Джефри подпел только несколько строк. В одном из интервью Jeffrey потом признался, что работа над «M3» была для него самой тяжелой. Новый альбом был презентован на Хэллоуин шоу 1999 в Agora, и уже перед началом концерта все напечатанные к продаже 1000 копий диска были тут же раскуплены, что приятно удивило даже саму группу. Тираж пришлось увеличивать.
В этот период группа сменила свой имидж — вместо маскарадных костюмов все были одеты в чёрную униформу и однотипные X-face маски. Тогда же разошлись пути и со стриптизершей Jessica. Она заявила, что в 30 лет ей хочется чего-то большего, чем просто «трясти на сцене попой» Она ушла окончательно в 2000 году, открыв свой тату-салон под названием «My Museum». Marko «Bronson» оставшись в одиночестве стал семплистом (это должность пустовала несколько лет после ухода DJ Virus)
В 2000 году из группы выгнали гитариста Ричи «Dinner» Мур. Он заведовал продажей товаров на шоу и выяснилось, что он пользовался своим положением подворовывая доход, за что и был выгнан в июле 2000. Хотя фанаты отзывались о нём только положительно, некоторые говорили, что Dinner мог запросто подарить любому новую футболку Mushroomhead. Как бы то ни было, место Dinner занял родной брат Стив «Skinny» Фелтон — Дэйв Фелтон по прозвищу «Gravy», тот самый, который придумал название Mushroomhead в 1993 году. Сначала он был временным гитаристом и получал гонорар за каждое отдельное шоу, а когда группа подписала контракт с Eclipse records, Dave стал постоянным участником Mushroomhead. Контракт с Eclipse был подписан в авугсте 2000 года. Mushroomhead решили перезаписать некоторые песни с ранних альбомов и выпустить их на одном диске. Уже 17 октября лейбл выпустил семплеры «Filthy Hands Sampler» с тремя «новыми старыми» песнями тиражом 10000 экз. Семплеры разошлись настолько хорошо, что их даже пришлось допечатывать (но с новой обложкой) А 8 мая 2001 года вышел в свет альбом «XX», включавший в себя заново смикшированные песни со старых альбомов и одну новую композицию «Epiphany». Альбом дебютировал на 50 месте в Billboard Top Independent Albums. Вопреки распространённому мнению «XX» это не «Best Of». На альбоме были собраны песни, которые группа исполняла на шоу, причём в таком же порядке.
Летом 2001 года произошла ещё одна замена. Гитарист J.J. Righteous совсем потерял форму из-за наркотиков и участники Mushroomhead поставили его перед выбором — бросай наркотики или уходи из группы. J.J. ушёл. Его место занял Марко «Bronson», который неплохо играл на гитаре. А семплистом стал Рик «Stitch» Томас, который до этого печатал для Mushroomhead футболки.
К августу 2001 года Mushroomhead оказались перед трудным выбором. Лейбл Eclipse Rec. в силу ограниченности своих возможностей не мог обеспечить группе достойного распространения её музыки. Mushroomhead не могли устроить турне, снять клип и просто развиваться дальше. Позже в интервью журналу «Rock Sound» Skinny признался, что в этот период группа была на грани распада: участники твёрдо решили, что к концу декабря 2001 года Mushroomhead или должен выйти на новый более высокий уровень или полностью прекратить своё существование. Группу спас звукозаписывающий гигант Universal Records, сделавший Mushroomhead предложение, от которого они не могли отказаться. Мэйджоры пообещали группе полмиллиона долларов на начальную раскрутку, съёмку клипа и контракт на 3 альбома. Это было то, что Mushroomhead честно заработали своим трудом за все эти годы, и Стив Фэлтон принял предложение, подписав контракт в сентябре 2001. Тут же на группу посыпались упрёки в продажности, на что участники всегда отвечали, что без поддержки Universal группа была бы обречена на распад. Альбом «XX» был переиздан на новом лейбле 4 декабря 2001 года. Все песни опять перемикшировали, а некоторые даже записали заново, включая «Fear Held Dear» и «Too Much Nothing», добавив ещё кавер на песню Pink Floyd. Обложку оставили прежней и на ней был изображен J.J. Righteous, который уже не был в составе, а Stitch на фото наоборот не было. Альбом дебютировал на 178 месте в Billboard Top 200 Albums Chart. Старому лейблу группы — Eclipse такое положение дел не понравилось, и они подали на группу в суд за несоблюдение условий контракта.
13-14 октября 2001 года в Санта-Монике (Калифорния) прошли съёмки дебютного клипа группы на песню «Solitaire/Unraveling». Режиссёром стал Dean Karr, известный по работе с Marilyn Manson, Mudvayne, Iron Maiden, Slayer и др. До этого Jeff носил маску, но Dean придумал снять её для того, чтобы зритель видел мимику певца — то что он это поёт (если бы он был в маске, многие бы не поняли что в группе 2 вокалиста). А так как волосы у Jeff тогда ещё были и бриться налысо он не очень-то и хотел, то ему раскрасили только лицо и подстригли «под ёжика». Как говорил сам Джефф, из него сделали «человека-спичку».
2002 год был для группы годом туров. Mushroomhead попали на Ozzfest 2002, впервые выехав за океан — в Европу. Они отыграли шоу в Великобритании, Ирландии, Нидерландах, Германии, Австрии, Италии, Франции, приобретя новых поклонников.
В начале февраля 2003 года Mushroomhead засели за написание нового альбома. Работа над ним кипела вплоть до 11 марта. 32 дня без выходных, по 15 часов в сутки Mushroomhead работали над новым материалом. Продюсером как всегда выступил Steve, однако на 2 песнях («Sun Doesn’t Rise» и «Nowhere To Go») ему помогал Джонни К (Disturbed) из Чикаго. Когда всё было готово, Mushroomhead поехали в Лос-Анджелес, чтобы смикшировать написанные трэки с Matt Wallace (Faith No More, Deftones).
14 октября новое творение группы под названием «XIII» вышло в свет, сразу же заняв 40 место в Billboard Top 200 Albums Chart, 12 место в Billboard Alternative Albums Chart и 7 место в Billboard Hard Rock Albums Chart. Кроме того, на песне «Dream Is Over» поёт Дженс Кидмен из знаменитой группы Meshuggah. Дженс со товарищами подружился с Mushroomhead во время тура Ozzfest 2002, и поэтому охотно согласился поучаствовать в записи альбома.
В том же году был снят второй видеоклип группы на песню «Sun Doesn’t Rise». Режиссером стал художник из Канады Vince Marcone, для которого эта работа над клипом стала дебютом в кинематографе.
После релиза «XIII» последовал тур, который продолжался почти 2 года. И закончился уже с новым вокалистом. Летом 2004 года Mushroomhead расторгли контракт с Universal. Дело в том, что на лейбле произошли сокращения штата сотрудников и менеджера группы уволили. Новый менеджер не жаждал работать с Mushroomhead и им пришлось уйти. А после этого события, буквально через несколько недель, Jason заявил о своём уходе из группы. У него тяжело заболел отец John Anthony Popson, а у группы намечался долгий тур. Jason решил, что отец для него важнее и предложил, чтобы его заменил певец из группы 3 Quarters Dead по имени Waylon. Waylon жил в маленьком городке Уилкесборо в штате Северная Каролина, и когда ему позвонил Steve «Skinny» с предложением войти в состав Mushroomhead в качестве вокалиста, Waylon, по его словам, чуть не упал. По странному совпадению звонок был 19 сентября — в день рождения Вэйлона. 11 октября 2004 состоялось первое шоу с Waylon и фанаты стали привыкать к нему. Хотя часть фанатов всё же отвернулась от Mushroomhead, не желая видеть на месте J Mann никого другого.
В конце 2004 года группа подписала контракт с лейблом Megaforce Records. 9 августа 2005 года вышел долгожданный DVD группы под названием «Volume 1». Помимо собрания всех клипов группы, он включает домашнее видео Mushroomhead — как они громят гостиничные номера, подшучивают над своими коллегами по сцене и друг над другом.
Весной 2006 года из группы ушёл гитарист Marko «Bronson». На его место никого не стали брать, так как Gravy достаточно профессионален, чтобы играть всё в одиночку.
В том же 2006 году в группе появился новый участник — Lil Dan (техник Skinny), который вместе со Stitch играет на перкуссии — так называемых «водных барабанах» («water drums»).
19 сентября 2006 года вышел в свет альбом «Savior Sorrow» с новым вокалистом Waylon. Тур в поддержку Savior Sorrow закончился в конце 2008 года.
Также, стоит отметить, что J Mann и Roxy не совсем ушли из группы. Они выступают на ежегодных Old School шоу Mushroomhead (когда группа одевает старые костюмы и исполняет старые песни). А в 2008 году на Old School шоу появился и первый басист группы — Mr.Murdernickel.
В 2007 году Джейсон стал изредка выходить на сцену во время шоу Mushroomhead для исполнения песен вместе с Waylon и J Nothing. В осеннем туре 2008 года такие выходы стали более частыми. Объяснение этому дал сам Джейсон Попсон. 3 декабря 2008 года в очередном номере журнала «Scene» было опубликовано сенсационное интервью с J Mann, в котором он сообщил, что хочет вернуться в Mushroomhead. Skinny подтвердил, что Джейсон будет участвовать в записи очередного альбома группы, выход которого запланирован на зиму 2010 года.
28 октября 2008 года вышел второй DVD группы под названием «Volume 2», в который включены клипы, лайвы, а также закулисные съёмки.
] 
