Штефан Уде, Хеннинг Рюменапп и Деннис Пошватта некоторое время играли вместе и пригласили Сандру Насич в 1996 году для участия в победном для них конкурсе «Local Heroes», поддерживаемом VIVA, немецким музыкальным телеканалом. Сплав метала, рэпа и поп-музыки Guano Apes одержали победу над более чем тысячей участников, а их дебютный сингл «Open Your Eyes» в 1996 году попал в десятку лучших хитов в Германии и оставался в сотне лучших хитов 30 недель. Благодаря усиленному продвижению VIVA видеоклипа «Open Your Eyes», Guano Apes подписали контракт с Gun Records, которые выпустили их альбом «Proud Like A God» в 1997 году. Второй сингл группы, «Lord of the Boards», который был написан для Европейского чемпионата по сноуборду в 1998 году, стал ещё большим хитом и сделал их альбом платиновым в Германии и золотым в других странах Европы. RCA выпустила альбом «Proud Like a God» в США в 1999 году. Немалую популярность на постсоветском пространстве группа приобрела исполнив кавер-версию композиции группы Alphaville — Big in Japan.

В 2005 г. группа распалась, хотя в 2006 году вышел альбом «Lost (T)apes», содержащий песни с ранних аудио кассет (1994 и 1995 годов).

В 2009 году группа воссоединяется, чтобы отыграть на серии летних фестивалей. Первое выступление группы после долгого перерыва состоялось в Португалии на фестивале Enterro da Gata 10 мая 2009 года. Появилась информация, что на 2010 год планируется выход нового альбома группы.